coxph分析中变量中亚组的p值问题

[zhaoliang0302]

翔哥好，coxph分析中假如变量ph.ecog是多组别的factor，请问怎么得到ph.ecog这个变量的p值，而不是这个变量里面各个因子水平对应的p值？谢谢

lung$ph.ecog = factor(lung$ph.ecog)
zz = ezcox(lung, covariates = c("sex", "ph.ecog"), controls = "age", return_models=TRUE)
#> => Processing variable sex
#> ==> Building Surv object...
#> ==> Building Cox model...
#> ==> Done.
#> => Processing variable ph.ecog
#> ==> Building Surv object...
#> ==> Building Cox model...
#> ==> Done.
mds = get_models(zz)
str(mds, max.level = 1)
#> List of 2
#>  $ Surv ~ sex + age    :List of 19
#>   ..- attr(*, "class")= chr "coxph"
#>   ..- attr(*, "Variable")= chr "sex"
#>  $ Surv ~ ph.ecog + age:List of 22
#>   ..- attr(*, "class")= chr "coxph"
#>   ..- attr(*, "Variable")= chr "ph.ecog"
#>  - attr(*, "class")= chr [1:2] "ezcox_models" "list"
#>  - attr(*, "has_control")= logi TRUE

show_models(mds)

[zhaoliang0302]

目前我想通过单因素coxph筛选出有意义的变量再进行多因素分析，但是例如ph.ecog这个变量里面的因子a的p<0.05，其他的因子p>0.05。我是继续把ph.ecog这个变量纳入多因素分析还是只把下面有意义的因子纳入？

[ShixiangWang]

如果你是想要达到这个目的，应该把整个变量 ph.ecog 纳入。 如果分类中有一个因子 p 值显著，就把该分类变量加到后续的多因素模型中。

[zhaoliang0302]

好的，你的意思是把ph.ecog这个变量整个纳入多因素模型吗？因为只把显著意义的ph.ecog.1这个因子保留会没有reference

[ShixiangWang]

对的

[zhaoliang0302]

感谢！

[ShixiangWang]

如果只是单纯地在有协变量的情况下得到分类变量对模型的影响的p值，可以参考下面 ai 回答的方法，我觉得是靠谱的。

---

如果在 Cox 比例风险回归（coxph）分析中，除了多组别的因子变量 ph.ecog 外，还包括其他协变量，您可以通过以下步骤来计算整体因子变量 ph.ecog 的 p 值：

1. 在 Cox 模型中同时包括 ph.ecog 变量和其他协变量，并使用 coxph() 函数进行拟合。

2. 使用 anova() 函数对比两个 Cox 模型：一个包括 ph.ecog 变量，另一个不包括 ph.ecog 变量，从而得到整体因子变量 ph.ecog 的 p 值。

下面是一个示例代码：

# 假设您的数据框为 df，包含了 Cox 模型的所有变量
cox_model_full <- coxph(Surv(time, status) ~ ph.ecog + covariate1 + covariate2, data = df)
cox_model_reduced <- coxph(Surv(time, status) ~ covariate1 + covariate2, data = df)

# 使用 anova() 函数对比两个模型，得到整体因子变量 ph.ecog 的 p 值
anova(cox_model_reduced, cox_model_full, test = "Chisq")

在上面的代码中，covariate1 和 covariate2 是其他协变量。您可以根据实际情况替换这些变量。使用 anova() 函数对比两个 Cox 模型，其中一个包括整体因子变量 ph.ecog，另一个不包括 ph.ecog，从而得到整体因子变量 ph.ecog 的 p 值。

通过查看 anova(cox_model_reduced, cox_model_full, test = "Chisq") 的输出结果，您将能够找到整体因子变量 ph.ecog 的 p 值，用来评估其整体显著性。

[zhaoliang0302]

谢谢，但是我看很多文献基本都没有这么去做。因为我自己的变量里面3个因子，只有1个因子是显著性的，在单因素后就将这个变量纳入多因素分析的操作我不清楚是否是科学可行的