test

[wenhaoli-wenhaoli]

对新手极其不友好，哪里可以得到测试数据与测试code？

[Morvan98]

他的教程确实写得不太清楚，我跑通了一遍大概是：输入是tsv格式的序列文件，用do_embedding.py先将其转换为embedding，然后用do_agg.py将上一步输出整合为index文件，前两步完成后，可以用do_retrieval.py进行序列查找。但uniref数据库的embedding非常缓慢。。一张v10032g预计得跑300+h，我直接放弃了。。

[wenhaoli-wenhaoli]

这玩意发了文章就不管了，一点吊用户体验都没有，前两天还看这货在b站搁这招生还整得花里胡哨的，有这个时间装逼😓

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---Original--- From: "MoFan ***@***.***> Date: Wed, Jul 9, 2025 15:57 PM To: ***@***.***>; Cc: "Wenhao ***@***.******@***.***>; Subject: Re: [ml4bio/Dense-Homolog-Retrieval] test (Issue #27) Morvan98 left a comment (ml4bio/Dense-Homolog-Retrieval#27) 他的教程确实写得不太清楚，我跑通了一遍大概是：输入是tsv格式的序列文件，用do_embedding.py先将其转换为embedding，然后用do_agg.py将上一步输出整合为index文件，前两步完成后，可以用do_retrieval.py进行序列查找。但uniref数据库的embedding非常缓慢。。一张v10032g预计得跑300+h，我直接放弃了。。 — Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you authored the thread.Message ID: ***@***.***>

[Morvan98]

哭了

[psp3dcg]

他的教程确实写得不太清楚，我跑通了一遍大概是：输入是tsv格式的序列文件，用do_embedding.py先将其转换为embedding，然后用do_agg.py将上一步输出整合为index文件，前两步完成后，可以用do_retrieval.py进行序列查找。但uniref数据库的embedding非常缓慢。。一张v10032g预计得跑300+h，我直接放弃了。。

你好，我看UniRef90.fasta中一条序列都是30000+氨基酸，这种长序列怎么做embedding提取啊？

[wenhaoli-wenhaoli]

这货运气好，发了NBT就留任了，整得花里胡哨的，水的一批

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---Original--- From: ***@***.***> Date: Tue, Aug 5, 2025 11:00 AM To: ***@***.***>; Cc: "Wenhao ***@***.******@***.***>; Subject: Re: [ml4bio/Dense-Homolog-Retrieval] test (Issue #27) psp3dcg left a comment (ml4bio/Dense-Homolog-Retrieval#27) 他的教程确实写得不太清楚，我跑通了一遍大概是：输入是tsv格式的序列文件，用do_embedding.py先将其转换为embedding，然后用do_agg.py将上一步输出整合为index文件，前两步完成后，可以用do_retrieval.py进行序列查找。但uniref数据库的embedding非常缓慢。。一张v10032g预计得跑300+h，我直接放弃了。。 你好，我看UniRef90.fasta中一条序列都是30000+氨基酸，这种长序列怎么做embedding提取啊？ — Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you authored the thread.Message ID: ***@***.***>